Доброго дня, товар списується зі складу тільки після створення документу видачі, на приклад після формування видаткової накладної, створення рахунків не зменшує кількості товару на складі.
В налаштуваннях можна також активувати опцію, щоб до рахунок-фактури були автоматично генеровані документи видачі та прийому. Для цього потрібно перейти в Налаштування > Налаштування акаунта > Конфігурація > Склади і з Off змінити на Створення документа > Зберегти.

Більше про функцію управління складом залишаю в посиланні нижче:
https://dopomoha.bitfaktura.com.ua/106626830–

З повагою, Тетяна.